thunder さんこんにちは。改造楽しそうですね。
2SC1815 はまだ入手可能なのですね。Analog2.0 の最初の版の設計と試作は 2SC1815Y 2SA1015Y を使いました。hFE は 200 程度だったはずです。もし手に入るなら hFE が 200程度のトランジスタを使うのが無難ではあると思います。
トランジスタを 2N3904 と 2N3906 に切り替えた時に hFE 100 ぐらいのものまでは試してみましたが特に誤動作はしないようです。
Analog2.0 のほとんどの箇所は hFE の影響がそれほど大きくならないように設計されているので hFE を変えてもあまり音には影響しないと思います。ただ、ノイズジェネレータの音源トランジスタと VCF だけはトランジスタを変えると音の印象が変わるように思います。
ノイズジェネレータの音源は、hFE が関係しているわけではありませんが、素子のむき出しの特性を使うのでトランジスタの個性がそのまま音に出てきます(といっても所詮ホワイトノイズなので僅かな差ですが)。
VCF は、音の経路がトランジスタ回路だけで構成されているのと(音の通るところにはオペアンプを使っていません)、あまり強い帰還がかかっていないため、トランジスタの個性が出やすいです。hFE の影響も出やすいのではないかと思います。2SC1815 から 2N3904 に切り替えた時にも音の印象がわずかに変わったと感じましたが、どちらも個性、良い悪いの優劣は言えないなと私は感じました。VCF回路は hFE だけでなくコレクタ電流の立ち上がり部分の特性のばらつきなどでも音の印象が変わりますが、厳密に揃えれば良いかというと、ものが楽器ですので一概にそうとも言えず、やはり好みの問題になるのではないかと思います。興味があれば色々取り替えて試してみるのも面白いかもしれません。