Emacs 24 のどこかのバージョンで突然 ctrl-M (改行) と ctrl-J (改行+インデント) の役割が逆転したようです。Emacs 開発のこういう無神経な変更にはイライラさせられますがとにかく何でもカスタマイズできる emacs のことです。以下の一行を .emacs に入れれば元に戻ります。

(when (fboundp 'electric-indent-mode) (electric-indent-mode -1))

以下の投稿に感謝。
http://emacs.stackexchange.com/questions/5939/how-to-disable-auto-indentation-of-new-lines